Basse vallée du Doubs
La basse vallée du Doubs, en aval de Dole, est une petite plaine alluviale offrant une mosaïque de paysages façonnés par la dynamique d’une rivière encore sauvage entre l’interdigue: grèves, îles, rives sablonneuses, bras morts, roselières, prairies inondables, ripisylve… Les saulaies font depuis peu le bonheur du Castor qui a fait son grand retour. Mais avec plus de 120 espèces nicheuses répertoriées, c’est surtout un petit paradis pour les oiseaux. Parmi eux: la rare Gorgebleue à miroir blanc, ainsi que d’importantes colonies de Guêpiers d’Europe et d’Hirondelles de rivage. Si les crues sévères bouleversent régulièrement le paysage, elles perturbent la reproduction des oiseaux qui nichent au sol, sur les bancs de galets: Petit Gravelot, Oedicnème criard et surtout Sterne Pierregarin.
Venu du Jura voisin, le Harle Bièvre a désormais colonisé l’ensemble du bassin du Doubs.
Aussi, la partie bourguignonne (entre Navilly et Fretterans) est protégée par un arrêté Préfectoral de Protection de Biotope. Son accès est réglementé, dans le seul but d’assurer une protection de la faune et de la flore, tout comme sont réglementées certaines activités comme le retournement des prairies ou l’extractions de matériaux.
Dans la plaine environnante, qu’on appelle le « finage », les associations naturalistes locales sont à l’oeuvre chaque année pour protéger les nichées du Busard cendré dans les cultures.